26 августа 2010 г. после нескольких месяцев неопределенности ФАИТ прекратил существование. Указ об упразднении агентства подписал президент России Дмитрий Медведев. Функции ФАИТ, а также его обязательства, возникшие после рассмотрения различных дел в судах, переданы Минкомсвязи.
Одним из таких дел было судебное разбирательство между ФАИТ и Cognitive Technologies. Компания в сентябре 2008 г. выиграла аукцион, проведенный агентством, на разработку подсистемы мониторинга СМИ, заказанной администрацией президента РФ в рамках реализации ФЦП "Электронная Россия".